El paso de gérmenes al torrente sanguíneo puede generar infecciones de las válvulas cardiacas. Estos procesos, denominados endocarditis, tienen especial gravedad y requieren, en el mejor de los casos, tratamientos antibióticos prolongados. En muchas ocasiones, estos procesos provocan cuadros infecciosos generalizados muy graves, cirugías de alto riesgo y con frecuencia conducen a la muerte.

En ocasiones, para evitar estas infecciones (extracciones dentarias, manipulaciones de las vías urinarias, etc.), se utilizan antibióticos de forma preventiva. 

En las guías actuales de profilaxis para la endocarditis, la dilatación aórtica o la regurgitación valvular mitral o aórtica, asociadas con frecuencia al síndrome de Marfan, no son per se indicación de profilaxis de endocarditis infecciosa salvo que el paciente haya tenido previamente un episodio de este tipo.

No obstante, se insiste enormemente en la importancia de mantener una adecuada salud e higiene dentales como los medios más apropiados para conseguir este fin preventivo. 

Pese a ello, National Marfan Foundation considera que estas directrices no valoran adecuadamente el riesgo de estos pacientes, por lo que defienden el uso de la profilaxis antibiótica en los pacientes con el síndrome de Marfan que tienen regurgitación valvular.